Zamek Hunte, Austria. 1939 rok. Naziści przeprowadzają niezwykły eksperyment. Pozornie dotyczy on badań nad zdobywaniem przestrzeni kosmicznej. Ale całe to wydarzenie, ukrywane w głębokiej tajemnicy, ma również drugie dno. Sześćdziesiąt jeden lat później w zamku Hunte znów dzieje się coś niezwykłego. Do akcji przystępują Hellboy i homunkulus Roger. Po zakończeniu misji Hellboy podejmie decyzję, która może zaważyć na losach całego Biura Badań Paranormalnych i Obrony
Piekielny chłopiec trafia też do Afryki, gdzie spotyka rybią wiedźmę Bog Roosh, która zdaje się sporo wiedzieć na temat jego przeszłości i czekającego go przyszłości.