Rodzeństwo, 10-letnia Ania i 9-letni Tomek, w czasie letnich wakacji w krakowskim mieszkaniu dziadka, za sprawą znalezionego na strychu tajemniczego zegarka przenoszą się niespodziewanie do siedemnastowiecznego Krakowa borykającego się właśnie z epidemią. Ich powrót możliwy będzie dopiero po odkryciu lekarstwa na epidemię, do czego prowadzi skomplikowana droga rozwiązywania kolejnych zagadek wielkiego maga i alchemika, Mistrza Twardowskiego. Rozpoczyna się dramatyczny wyścig z czasem...